El municipio de Bahía Solano surge a partir de su separación del municipio de Nuquí, decretada por la octava ordenanza de la Honorable Asamblea Departamental del Chocó el 19 de noviembre de 1962.
La Capitanía de Puerto de Bahía Solano se creó en junio de 1973, las instalaciones de la Capitanía, en esa época, funcionaban a la orilla del mar, cerca de la sede de la Policía Nacional, pero por efectos de la erosión el terreno fue invadido por la acción continua del mar, siendo necesario trasladar dichas instalaciones a una pequeña casa frente a la Alcaldía donde funcionó durante varios años.
En el año de 1974 fueron constantes las campañas educativas con los nativos de la región, con el fin de dar a conocer los reglamentos de la Dirección General Marítima, en este año se contaba con dos funcionarios que eran el capitán de puerto y el motorista, lo cual hizo más fácil los desplazamientos dentro de la jurisdicción.
En el año 1980 la Dirección General Marítima traslado la Capitanía de Puerto a las instalaciones donde actualmente funciona. Durante 15 años los capitanes de puerto fueron oficiales comandantes del puesto destacado de Bahía Solano, los cuales debían desempeñar sus funciones como comandantes del puesto y como capitán de puerto haciendo un poco difícil el buen funcionamiento de la Capitanía. Debido al avance y desarrollo de la región, la Armada Nacional desde el mes de julio de 1995 nombró por primera vez un Oficial Naval en el grado de Teniente de Navío.
En el año de 1997 se reorganizó la Capitanía de Puerto y creó el manual de funciones y se realizaron campañas con los pescadores artesanales con el fin de incentivarlos a cumplir las reglamentaciones vigentes.
